Deși Quinella, pontiful Bisericii Axiom, a fost învinsă, lucrurile nu par să se fi liniștit încă. După ce reușește să ia legătura cu lumea reală, Kazuto "Kirito" Kirigaya află că Ocean Turtle—o mega-platformă plutitoare controlată de Rath—a fost atacată. Din cauza unui scurtcircuit brusc provocat de invadatori, fluctlight-ul lui Kirito este deteriorat, lăsându-l în comă. Simțindu-se nesigură în privința celor de la Biserica Axiom, Alice îl ia pe Kirito inconștient și îl aduce în satul lor natal, Rulid, ignorând faptul că fusese exilată pentru o crimă care nu fusese iertată. Acum, Alice duce o viață simplă și pașnică în apropierea satului, sperând din tot sufletul ca Kirito să se trezească. Totuși, tragedia lovește atunci când Alice observă că Teritoriul Întunecat a început deja să invadeze Imperiul Uman. Revenind la vechiul său titlu, Alice Synthesis Thirty, ea promite să înfrângă Teritoriul Întunecat pentru a apăra lumea pe care Kirito și Eugeo au luptat atât de mult să o protejeze.