Bătălia finală împotriva Teritoriului Întunecat continuă, în timp ce jucători din întreaga lume se revarsă pe serverele Underworld și aruncă Imperiul Uman într-un haos total. Asuna Yuuki și prietenii săi își apără noii aliați cu toate forțele, dar numărul lor scade rapid. Între timp, Alice Zuberg se îndreaptă spre Altarul Sfârșitului Lumii, urmărită necontenit de Gabriel „Vecta” Miller. În același timp, membrii Rath pun la cale un plan pentru a încerca să repare fluctlight-ul deteriorat al lui Kirito. Cu toate acestea, intrușii care ocupă sala principală de control au alte intenții. Înconjurat de moarte și disperare, când orice speranță pare pierdută, o voce ajunge la Kirito—o voce familiară care îi șoptește: „Voi fi mereu alături de tine.” Sword Art Online: Alicization - War of Underworld 2nd Season este concluzia epică a visului lui Akihiko Kayaba de a crea o inteligență umană artificială. Acum, depinde de Kirito și prietenii săi să protejeze această lume aflată în colaps de cei care încă o consideră doar un simplu joc.